穿山甲是世界上非法贸易最猖獗且极度濒危的哺乳动物，其保护和研究备受关注。近年来，云南大学于黎研究员团队在穿山甲保护遗传学研究方面取得了一系列成果，为穿山甲的保护管理提供了重要信息，具有重要意义。

穿山甲属于哺乳动物纲，劳亚兽总目，鳞甲目，穿山甲科，但是穿山甲的演化历史，即穿山甲与劳亚兽总目中的其他5个目（真盲缺目，翼手目，鲸偶蹄目，奇蹄目，食肉目）之间的系统演化关系一直存在争论。团队利用最大规模的基因组数据分析，确定了穿山甲和食肉目具有最近的亲缘关系(Molecular phylogenetics and Evolution, 2021, 157, 107065, JCR一区）。吕雪、胡靖扬和胡译文为论文共同第一作者，于黎研究员为论文通讯作者。

目前已知穿山甲包含8个物种。团队分析所有已报道的穿山甲物种的线粒体基因数据，证实了2005年香港嘉道理农场野生动物救护中心的张华荣团队报道的在香港海关罚没的27份穿山甲鳞片中发现的2个新的单倍型与目前已知的 8 个穿山甲物种都没有聚在一起，而且物种界定分析表明已经达到了物种水平，支持存在着潜在的穿山甲新物种。文章发表后，得到穿山甲领域的专家的极大关注以及报道生态环境和濒危物种相关的媒体，包括中外对话和国家地理的关注（Zoological Science，2020，37: 538-543）。胡靖扬为论文第一作者，于黎研究员为论文通讯作者。

除了新物种以外，团队基于群体基因组学研究，在极度濒危的马来穿山甲和中华穿山甲两个物种中还发现了来自于云南和缅甸的新种群，为野外种群的管理工作提供了重要依据。团队对穿山甲的群体历史动态进行了研究，发现海平面的升降变化、冰期气候变化和青藏高原隆升等是穿山甲种群分化和种群数量波动的重要原因。而近期的人类活动影响导致了穿山甲有效群体急剧缩减。在遗传上的后果表现为具有较低的遗传多样度，较高的近交水平和遗传负载，提出穿山甲面临着近交衰退的风险和生存潜力的下降（National Science Review，2020，7: 798-814，JCR一区，影响因子为17.275）。胡靖扬和郝子谦为论文共同第一作者，于黎研究员、张亚平研究员和李海鹏研究员为论文共同通讯作者。

物种保护，除了遗传保护以外，人工圈养已成为救助和保护野生动物的重要手段, 然而目前穿山甲的人工圈养工作仍然面临巨大挑战。胃肠道疾病是圈养穿山甲的主要死因之一，其中肠道微生物在调节宿主健康和疾病状态中起到至关重要的作用。 团队结合16S rRNA和宏基因组数据，比较了圈养和罚没救助的野生穿山甲肠道微生物的组成和功能，发现饮食组成差异，圈养时间长短和是否使用抗生素是导致圈养和野生穿山甲肠道微生物的组成改变和功能差异的重要原因。此外，圈养穿山甲中抗性基因和毒力因子种类和数量显著增加，揭示了圈养穿山甲易患胃肠道疾病的潜在机制（Journal of Genetics and Genomics，2021， https://doi.org/10.1016/j.jgg.2021.07.009，JCR一区）”。刘纯兵为该论文的第一作者，于黎研究员，张志刚研究员和陈武为该论文的共同通讯作者。

以上研究工作得到国家杰出青年科学基金、云南省科技厅-云南大学“双一流”建设联合基金、云南省重大科技项目，青藏高原科学考察与研究(STEP)项目等资助。