DoGSD: the dog and wolf genome SNP database
白冰,张亚平 2015-01-01
家犬作为人类生活和工作中的伙伴，其进化研究一直是遗传学研究中的一个热点。目前使用的家犬参考SNP数据集数量少、采样地不够广泛、测序覆盖度差异大，且主要只来源于两个品种的两个犬只，并不利于家犬的群体遗传研究。
目前，二代测序产生了大量的家犬和灰狼的全基因数据。为了弥补参考SNP数据集的不足及满足大数据复用的需求，在张亚平院士和王国栋博士的指导下，云南大学白冰博士联合中国科学院北京基因组所建立了第一个犬类SNP数据库—DoGSD，SNP数量是原参考数据集的7倍。DoGSD弥补了原数据集采样地少，覆盖度差异大的问题，并且第一次在SNP数据集加入了中国土狗的数据。DoGSD为用户提供了友好的检索、查询及下载页面, 其中的同义/非同义SNP检索页面、比较查询功能将为用户检索提供很大的方便。此外，DoGSD第一次在数据库中提供了重要的群体遗传学参数的计算结果：Fst和等位基因频率，方便用户筛选和进一步分析有选择信号的SNP。结果发表在国际著名期刊Nucleic Acids Research 2015; 43:D777-83.
图1 DoGSD界面
